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HPV通过性交损伤的皮肤黏膜到达基底层细胞。由于HPV的型别、存在状态、机体的免疫状态不同而结局迥异。若感染低危型HPV,病毒进入宿主细胞后,其DNA游离于宿主染色体外,HPV在基底层细胞脱衣壳,在分化细胞进行DNA复制,在颗粒细胞合成衣壳蛋白并包装病毒基因组,在角质层细胞出现完整病毒体,当角质层细胞死亡、脱落,释放病毒体,再感染周围正常细胞。病毒体的大量复制刺激上皮细胞增生,因而显微镜下呈现表皮增生、变厚,临床表现为尖锐湿疣。
若感染高危型HPV,其DNA整合到宿主细胞染色体,不能产生完整的病毒体,HPV E6、E7转化基因表达,导致上皮内瘤样变及浸润癌的发生。整合感染时尖锐湿疣的表现常不明显。